2018
- 陳薇羽、吳晉嘉、朱順傑、陳瑜瑾、吳哲宏(2018) 多氯乙烯污染生物復育：厭氧微生物菌群完全脫氯之生態網路建立，中華民國環境工程學會107年度土壤與地下水處理技術研討會，107年11月16-17日，國立成功大學環境工程學系，台南。(優秀論文獎)
- 邵勇先、吳哲宏，(2018) 以階層寡核苷酸引子延伸(HOPE)技術揭露自營除氮系統中關鍵菌群動態，中華民國環境工程學會107年度廢水處理技術研討會，107年11月16-17日，國立成功大學環境工程學系，台南。(優秀論文獎)
- 指導羅建中大專生研究計畫榮獲科技部106年度研究創作獎。
2017
106年度廢水處理技術研討會優秀論文獎-無氧-好氧活性污泥系統處理含氮工業廢水之穩定性與微生物體分析（鄭羽展、吳哲宏）
106年度廢水處理技術研討會優秀論文獎-降解四甲基銨產甲烷之厭氧微生物菌群結構和蛋白質體分析（陳薇羽、吳哲宏 、冼承熙、朱虹綾）
106年度土壤與地下水研討會優秀論文獎-以次世代高通量定序技術探討不同釋氧條件對油污染土壤菌群結構之影響（陳薇羽、陳宏達、陳琪璜、凃茂園、吳哲宏）
106年度環境工程實務技術研討會傑出海報論文獎-以次世代高通量定序技術探討不同釋氧條件對油污染土壤菌群結構之影響（陳薇羽、陳宏達、陳琪璜、凃茂園、吳哲宏）
- 7th Joint Forum of Environmental Sciences，邵勇先，Excellent Presentation Award。(2017/09/06-2017/09-07日本松山市愛媛大學)
- 何宜芳等4位同學參加兩岸暨香港綠色大學聯盟『2017學生環保競賽營』榮獲季軍。
2016
- 105年嘉南藥理大學環境工程與科學系暑期實習成果發表: 林俐辰第一名、陳冠霖佳作(2016)。
2015
- 104年度中華民國環境工程學會大學生論文競賽佳作獎(丁昱、2015)
- 104年度科技部創新創業激勵計畫創業潛力獎(陳薇羽等、2015)
2014
- 台綜大年輕學者創新研究成果選拔佳作獎 (陳薇羽、2014)
2012
- Excellent poster presentation, 4th Japan-Korea International Symposium on Microbial Ecology and 28th annual meeting of Japanese Society of Microbial Ecology. (2012/9/19-22)
- 2012環境微生物研討會壁報論文獎第一名 (2012/9/14)
2011
- 第14屆海峽兩岸環境保護研討會最佳論文獎(2011)
2010
- 中華民國環境工程年會九十九年度土壤與地下水研討會優秀論文獎 (2010)
- 中華民國環境工程年會九十九年度廢棄物處理技術研討會優秀論文獎 (2010)
- 中華民國環境工程年會永續環境與綠色科技創意競賽第三名(2010)
- 第13屆海峽兩岸環境保護研討會最佳論文獎(2010)
2009
- 中華民國環境工程年會九十八年度土壤與地下水研討會優秀論文獎 (2009)
2008
- 第十八屆下水道及水環境再生研討會優秀技術論文獎 (2008)